Quels sont les meilleurs logiciels de comptabilité ?

Quels sont les meilleurs logiciels de comptabilité ?

Meilleur logiciel de comptabilité 2025 : comparatif et conseils d’un expert-comptable à Lyon

Introduction

Choisir son logiciel de comptabilité n’est jamais simple. Entre les outils historiques comme Sage ou EBP, les nouvelles solutions 100 % cloud comme Pennylane et les promesses marketing, beaucoup d’entrepreneurs se sentent perdus. Pourtant, ce choix est crucial : le bon logiciel comptable vous fera gagner du temps, automatisera la saisie bancaire et sécurisera vos obligations fiscales, tout en vous permettant de mieux piloter votre entreprise grâce à des tableaux de bord financiers.

Chez Archipel Lyon, cabinet cabinet d’expert-comptable à Lyon, nous accompagnons chaque jour des créateurs d’entreprise, freelances, dirigeants de TPE ou investisseurs LMNP. Nous travaillons principalement avec Pennylane, mais nous avons aussi testé d’autres solutions adaptées à différents profils comme Tiime, MyUnisoft ou Ciel. Voici notre analyse d’expert (comptable).

1. Quel est le logiciel de comptabilité le plus utilisé en France ?

Historiquement, des éditeurs comme Sage, Cegid ou EBP dominent le marché, surtout dans les PME. Mais depuis quelques années, des solutions plus modernes et accessibles en SaaS (cloud) se sont imposées.

Pennylane est aujourd’hui l’un des logiciels les plus utilisés par les entrepreneurs. Pourquoi ? Parce qu’il réunit en un seul outil : facturation, suivi bancaire, comptabilité, automatisation des flux et collaboration en temps réel avec votre expert-comptable. Cette approche simplifiée séduit particulièrement nos clients lyonnais.

D’autres logiciels restent répandus :

• Quickbooks : solution internationale, efficace pour petites structures.

• Tiime : apprécié des indépendants pour gérer factures, devis et notes de frais.

• MyUnisoft : conçu pour collaborer facilement avec un cabinet comptable.

• Ciel et EBP : solutions historiques encore présentes dans certaines TPE/PME.

2. Quel logiciel pour faire sa comptabilité soi-même ?

Tout dépend de vos besoins et de la taille de votre entreprise :

• Freelances et micro-entrepreneurs : un outil comme Tiime ou Indy est suffisant. Il vous permet de gérer devis, factures, paiements et dépenses sans complexité, avec une interface intuitive.

• Dirigeants de SASU ou SARL : Pennylane est idéal, car il intègre la gestion de trésorerie, la facturation, le suivi bancaire automatisé et la déclaration de TVA.

• Professions libérales : MyUnisoft reste simple mais permet une bonne collaboration avec un expert-comptable.

• Associations : des outils comme Ciel ou EBP peuvent convenir, surtout lorsqu’il y a des subventions à gérer.

Exemple concret : un client indépendant à Lyon a choisi Tiime pour gérer sa facturation et ses dépenses. L’outil génère automatiquement ses écritures comptables, et nous récupérons les données pour établir son bilan.

3. Est-il obligatoire d’avoir un logiciel de comptabilité ?

La réponse est non, sauf cas particuliers. Vous pouvez tenir votre comptabilité sur Excel ou papier… mais c’est risqué.

Deux raisons principales :

1. Fiabilité : un logiciel automatise la saisie, le rapprochement bancaire et réduit les erreurs.

2. Conformité légale : la loi anti-fraude impose des règles pour les logiciels de facturation, et la facturation électronique sera obligatoire d’ici 2026.

3. FEC : il faut pouvoir établir un fichier d’écritures comptables normé.

 Pour simplifier la gestion, sécuriser vos flux financiers et gagner du temps, mieux vaut investir dans un logiciel conçu pour la comptabilité.

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4. Puis-je faire mon bilan comptable seul ?

En théorie, oui. En pratique, c’est fortement déconseillé.

Faire son bilan seul suppose de :

• maîtriser les règles fiscales (TVA, amortissements, provisions, immobilisations),

• respecter les délais déclaratifs (TVA, impôt société, liasse fiscale),

• assumer le risque d’un contrôle fiscal.

Au cabinet Archipel Lyon, nous rencontrons régulièrement des entrepreneurs qui ont tenté une gestion autonome et ont dû corriger plusieurs années d’écritures, avec des pénalités.

Notre conseil : utilisez un logiciel comptable pour votre gestion quotidienne (Pennylane, Tiime…), mais confiez la révision et le bilan à un expert-comptable à Lyon.

5. Comparatif des meilleurs logiciels de comptabilité en 2025

 

Logiciel	Profil idéal	Points forts	Limites
Pennylane	TPE, PME, SASU, SARL	Tout-en-un, automatisation bancaire, tableaux de bord, collaboration comptable	Payant, moins adapté aux micro-entrepreneurs
Tiime	Indépendants, freelances	Gratuit (version de base), devis et factures, gestion simplifiée	Fonctionnalités limitées
MyUnisoft	Professions libérales/pme	Collaboration cabinet, accessible en ligne	Interface moins intuitive
Sage	PME structurées	Large gamme, fonctionnalités avancées (compta analytique, paie, gestion commerciale)	Complexité, coût
Quickbooks	Startups, petites sociétés	Facile d’utilisation, version cloud efficace	Support en français limité – plus en france depuis 2023
EBP / Ciel	TPE traditionnelles	Conforme aux normes françaises, disponible hors ligne	Moins moderne, ergonomie vieillissante

Conclusion : quel est le meilleur logiciel de comptabilité ?

Il n’existe pas de “meilleur” logiciel universel : le choix dépend de vos besoins, de votre taille d’entreprise et de votre budget.

• Pour une PME : Pennylane ou Sage offrent des solutions complètes.

• Pour une TPE ou un indépendant : Tiime ou Indy sont des options gratuites ou peu coûteuses.

• Pour une association : Ciel ou EBP peuvent convenir.

Chez Archipel Lyon, nous privilégions Pennylane car il combine efficacité, automatisation et collaboration. Mais nous restons ouverts aux autres logiciels, en fonction de chaque projet.

Mon avis d’expert-comptable : j’ai beaucoup apprécié pendant mes jeunes année travailler sur outil purement réservé aux experts-comptable : CEGID. L’outil était en avance et permettait vraiment de réaliser la tenue, les déclarations de tva et le bilan avec aisance. Malheureusement Cegid n’a pas su s’adapter et prendre le virage technologique des Tiime ou Pennylane.

L’embarquement client Pennylane est top, il permet de proposer un outil clé en main pour le dirigeant de tpe/pme. La comptabilité est lié à l’outil administratif et permet de gagner du temps.

Vous hésitez encore ?
👉 Découvrez notre page dédiée : experts-comptables Pennylane à Lyon.

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FAQ – logiciels de comptabilité et gestion

Quels sont les meilleurs logiciels de comptabilité ?

Il existe plusieurs solutions efficaces selon la taille et les besoins de l’entreprise :

• Pennylane : outil cloud tout-en-un, idéal pour TPE/PME et cabinets comptables souhaitant centraliser facturation, trésorerie et tableaux de bord financiers.

• Sage et EBP : gammes historiques adaptées aux PME, avec des fonctionnalités avancées (comptabilité analytique, paie, gestion commerciale).

• Tiime et Indy : solutions conçues pour les freelances et indépendants, avec version gratuite et automatisation de la saisie.

• Quickbooks et MyUnisoft : plateformes accessibles, collaboratives, adaptées aux sociétés cherchant une gestion simplifiée et un accès en ligne.

 Le “meilleur” logiciel dépend donc du profil : PME, TPE, indépendant ou association.

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Comment évaluer un logiciel de comptabilité ?

Pour bien choisir, il faut analyser plusieurs critères de gestion :

• Fonctionnalités : facturation, devis, déclaration de TVA, gestion des immobilisations, suivi de trésorerie, reporting automatisé.

• Interface intuitive et ergonomie : l’outil doit être facile à prendre en main pour tout utilisateur.

• Sécurité et conformité légale : sauvegarde des données sur serveurs français, respect de la loi anti-fraude à la TVA, compatibilité avec la facturation électronique.

• Automatisation : génération automatique d’écritures comptables, rapprochement bancaire, catégorisation des dépenses et recettes.

• Support client et accompagnement : une équipe réactive est essentielle pour résoudre rapidement les problèmes.

Un bon logiciel est conçu pour répondre aux besoins spécifiques de l’entreprise, qu’il s’agisse d’une PME, d’une TPE ou d’un indépendant.

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Quel est le meilleur logiciel gratuit ?

Plusieurs solutions proposent une version gratuite ou un essai gratuit :

• Tiime : logiciel comptable gratuit pour devis, factures et gestion simplifiée.

• Indy : offre une version gratuite pour auto-entrepreneurs, avec possibilité d’évolution.

• Dolibarr et autres logiciels open source : adaptés aux associations et petites structures.

 Attention : les versions gratuites sont limitées (pas de comptabilité analytique, peu de reporting, absence de modules avancés comme paie ou immobilisations). Pour une gestion plus complète, il faut passer à une version payante ou un abonnement SaaS.

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Comment simplifier la comptabilité ?

La simplification passe par l’automatisation et l’utilisation d’une solution en ligne adaptée :

• synchronisation bancaire et saisie comptable automatique,

• catégorisation des flux (recettes, dépenses, factures),

• génération automatique de tableaux de bord financiers,

• intégration des notes de frais et devis/factures en quelques clics,

• mise à jour légale automatique (TVA, normes françaises, liasse fiscale).

Un logiciel cloud comme Pennylane ou Sage Business Cloud permet de gagner du temps chaque mois, de réduire les erreurs et d’améliorer la rentabilité de l’entreprise.

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Quels sont les avantages d’un logiciel en ligne (SaaS) ?

Les solutions de comptabilité en ligne présentent de nombreux avantages :

• Accessibilité : connexion possible depuis n’importe quel appareil (ordinateur, tablette, mobile).

• Sécurité : données sauvegardées automatiquement sur des serveurs français conformes aux normes.

• Collaboration : partage des informations avec l’expert-comptable en temps réel.

• Automatisation : rapprochement bancaire, génération automatique d’écritures, reporting financier.

• Mises à jour : conformité légale assurée sans effort (TVA, loi anti-fraude, facturation électronique).

 Les logiciels SaaS comme Pennylane, Quickbooks ou MyUnisoft offrent donc une gestion comptable plus fluide, adaptée aux TPE et PME.

Certes recourir à un expert-comptable n’est pas obligatoire, mais comme on l’a vu ce professionnel des comptes peut vous faire gagner du temps, économiser de l’argent (au-delà de son coût) et aussi prévenir d’éventuelles amendes et pénalités. Si vous cherchez un cabinet d’experts-comptables à Lyon, inscrit à l’ordre des experts-comptables, alors nous serions ravis d’échanger sur vos besoins.